Stok rotasyonu, depoda bekleyen ürünlerin hangi sırayla sevk edileceğini belirleyen kuraldır. Yanlış kurgulandığında ürün yaşlanır, son kullanma tarihi geçer, moda ya da teknoloji nedeniyle değer kaybeder; doğru kurgulandığında ise aynı stok seviyesiyle daha az fire verilir. Rotasyon bir yazılım ayarı değil, önce yerleşim tasarımı meselesidir.
En yaygın üç kural vardır. FIFO, depoya ilk giren ürünün ilk çıkmasıdır ve raf ömrü olan ya da zamanla değer kaybeden ürünlerin varsayılan kuralıdır. FEFO, son kullanma tarihi en yakın olanın ilk çıkmasıdır; giriş sırasından bağımsızdır. İkisi arasındaki fark küçük görünür ama kritiktir: aynı ürünün farklı partileri farklı raf ömrüyle gelebilir, bu durumda daha sonra giren bir parti daha erken bozulabilir. Gıda, ilaç ve kimyasalda doğru kural FEFO'dur. LIFO ise son gireni ilk çıkarır; fiziksel akışta nadiren istenir, daha çok muhasebe değerlemesinde karşımıza çıkar ve fiziksel rotasyonla karıştırılmamalıdır.
Kuralın uygulanabilmesi depo yerleşimine bağlıdır. Tek taraftan yüklenip tek taraftan boşaltılan derin raf sistemleri doğal olarak son gireni öne koyar ve FIFO'yu zorlaştırır. Akışlı raf sistemleri ya da iki taraftan erişilebilen koridorlar FIFO'yu fiziksel olarak mümkün kılar. Yerleşim uygun değilse kural kâğıt üstünde kalır; operatör en kolay ulaştığını alır.
İzlenebilirliğin dayanağı parti ve seri numarasıdır. Parti numarası olmadan FEFO uygulanamaz, çünkü hangi kutunun hangi tarihe ait olduğu bilinemez. Geri çağırma durumunda da aynı veri belirleyicidir: parti bazında izleme yapılabiliyorsa yalnızca ilgili parti toplatılır, yapılamıyorsa tüm ürün grubu riske girer.
Yerleşim kararı rotasyonla birlikte ele alınır. Hızlı devreden ürünlerin toplama noktasına yakın konumlandırılması toplama mesafesini kısaltır; bu, ABC sınıflandırmasının doğrudan depo içi karşılığıdır. Sabit yer atamasında her ürünün yeri bellidir ve öğrenmesi kolaydır; serbest yer atamasında alan doluluğu artar ama sistem desteği şarttır. Çoğu işletme hızlı devreden ürünlerde sabit, yavaş devredenlerde serbest atamayı birlikte kullanır.
Rotasyon kuralının işleyip işlemediği sayımla denetlenir. Depoda bekleme süresi dağılımına bakıldığında, ortalamanın çok üstünde bekleyen küçük bir grup varsa kural fiilen uygulanmıyor demektir; bu genellikle erişimi zor konumlara yerleşmiş partilerden kaynaklanır. Yaş analizi, fire raporundan önce uyarı veren daha erken bir göstergedir ve düzenli çalıştırıldığında kayıp gerçekleşmeden müdahale imkânı sağlar.