Denizyolu taşımacılığı, dünya ticaretinin hacim olarak en büyük bölümünü taşıyan ve birim maliyeti en düşük moddur. Karşılığında en yavaş ve en az esnek olanıdır; bu takas, mod seçiminin temelini oluşturur. Konteynerin 1950'lerde yaygınlaşması taşımacılığı kökten değiştirmiştir: yük artık limanda tek tek elleçlenmek yerine standart bir kutu içinde gemiden tıra, tırdan trene aktarılabilir hâle gelmiştir. Bu standartlaşma, intermodal taşımacılığın da önünü açmıştır.
Konteyner ölçüleri standarttır ve kapasite TEU birimiyle ölçülür. Bir TEU, yirmi ayaklık bir konteynere karşılık gelir; kırk ayaklık konteyner iki TEU sayılır ve FEU olarak anılır. Kapasite planlamasında yalnızca hacim değil ağırlık da sınırlayıcıdır: yoğun yüklerde konteyner hacmi dolmadan azami ağırlığa ulaşılır, hafif hacimli yüklerde ise tersi olur. Bu yüzden yükleme planı hem hacim hem ağırlık kısıtını birlikte gözetir.
Sevkiyat biçimi açısından iki temel seçenek vardır. FCL, yükün tek bir gönderene ait olduğu ve konteynerin tamamını kapladığı durumdur; LCL ise birden fazla gönderenin yükünün aynı konteynerde birleştirilmesidir. LCL birim maliyeti düşürür ama konsolidasyon ve dekonsolidasyon adımları eklediği için toplam süreyi uzatır ve hasar riskini artırır. Küçük hacimli düzenli sevkiyatlarda LCL, büyük partilerde FCL tercih edilir.
Denizyolunun temel belgesi konşimentodur. Konşimento üç işlevi birden taşır: taşıma sözleşmesinin kanıtıdır, malın teslim alındığının makbuzudur ve ciro edilebildiği ölçüde malı temsil eden kıymetli evraktır. Bu üçüncü işlev, akreditifli ödemelerde konşimentonun neden bu kadar merkezî olduğunu açıklar; banka, malın kendisini değil onu temsil eden belgeyi kontrol eder.
Denizyolunda maliyet yalnızca navlundan ibaret değildir. Liman elleçleme ücretleri, yakıt ve döviz ek ücretleri, konteynerin serbest süreyi aşan bekleme bedelleri sık sık toplam maliyetin önemli bir kısmını oluşturur. Bu bekleme bedelleri ikiye ayrılır: konteyner liman sahasında beklerse ardiye, alıcının elinde beklerse sürastarya niteliğindeki gecikme ücreti doğar. Bütçelenmediğinde bu kalemler taşıma kararını sonradan yanlış çıkarabilir.
Mod seçiminde denizyolunu değerlendirirken toplam sahip olma maliyeti mantığı kullanılır. Düşük navlun, uzun transit süresi nedeniyle yolda bekleyen stoğun bağladığı sermayeyle kısmen dengelenir; ayrıca uzun tedarik süresi daha yüksek emniyet stoğu gerektirir. Bu iki kalem hesaba katılmadığında denizyolu olduğundan ucuz görünür. Yüksek değerli ve talebi oynak ürünlerde havayolunun daha pahalı navlunu, bağlanan sermaye ve stok riski düştüğü için toplamda daha ucuza gelebilir.